考核结果的运用主要体现在以下四方面：首先是将考核结果与领导干部考评紧密挂钩。年度和期末考核结果经省政府审定后，交由干部主管部门，作为对市县政府主要负责人和领导班子综合考核评价的重要依据。其次是对期末考核结果为优秀的市县政府予以通报表扬，有关部门在相关项目安排上优先予以考虑；对在水资源节约、保护和管理中取得显著成绩的单位和个人，按照国家有关规定给予表彰奖励。第三是年度或期末考核结果不合格的市县政府，要在考核结果公告后一个月内，向省政府作出书面报告，提出限期整改措施，同时抄送水利厅等考核工作组成员单位。整改期间，暂停该地区建设项目新增取水和入河排污口审批，暂停该地区新增主要水污染物排放建设项目环评审批。第四是对整改不到位的，由监察机关依法依纪追究该地区有关责任人员的责任。
